2001年底,余爱武从她熟悉的宣传统战部调离了,成为南宁乡镇企业局、中小企业局的女副局长。
余爱武协助局长认真履行职责,通过反复调查研究,和同志们一道制定出培育扶持农业产业化龙头企业的方案及扶优扶强、建立信用担保体系的意见办法,上报为南宁市委、市政府。她还组织企业参加中小企业广州博览会和香港国际推广日,连续三年在南宁的对外招商活动中,都超额完成引资任务。2004年在余爱武的推动下,南宁局培育打造了12条农产品加工链,年产30万吨粮油、30万吨果蔬、30万吨木薯淀粉酒精、30万吨乳品、30万立方米板材及300万吨饲料等项目将在三年内实现,并培育出口创汇型农产品加工企业15家。按照“企业+基地+农户”的模式,南宁已有46家企业获“市级农业产业化龙头企业”称号,其中7家成为广西自治区级的龙头,推动了全市农产品的产业化经营。